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筆界特定制度は簡単に言いますと不明な境界部分を法務局に決めてもらう制度です。土地の所有者、相続人からの申請が必要で、専門の調査員、法務局の職員とともに現地調査、測量を行い、そのデータをもとに筆界特定登記官が境界部分を特定します。決定は様々な状況から判断し、決定されます。
この筆界特定制度のメリットは、隣地所有者の承諾がなくても土地所有者のみの申請で行えることです。そのため手間や時間が節約でき、最悪裁判になるような精神的負担もなくなります。
逆にデメリットですが、筆界特定制度を利用しても法的証明とならないため、もし裁判で異なった判決が出た場合、その筆界の効力が無くなります。しかし公的な機関を利用して決定されているものなので、筆界特定制度を利用して境界を特定すれば裁判でもこの結果が重要視されるため判決覆ることはほぼないものと思われます。但し、所有権の範囲を特定するものではありませんので所有権を巡って裁判が行われる場合もありますので注意が必要です。
最後に、隣地との境界を確定させる作業は当事者同士の協力があって出来るものです。しかし今回書かせてもらったことなどについても、まずは地道な作業ですが周辺から聞き取りするなどして情報を取得し、その上で何も手段がなくなった時の最終手段として不在者管理人の選任や筆界特定制度を利用するという手順で行うのが良いのではと思います。